Кафедра педіатрії, неонатології та перинатальної медицини організована 25 січня 1995 року, у зв’язку з переходом на нову навчальну програму, яка передбачала розширене впродовж 5 років вивчення студентами педіатричних дисциплін.
Першою назвою кафедри була Кафедра дитячих хвороб №2. Кафедра розташована на базi КМУ «Мiська дитяча клінічна лікарня» м. Чернівці, КМУ «Мiська дитяча полiклiнiка», КМУ «Міський клінічний пологовий будинок № 1» та КМУ «Міський клінічний пологовий будинок № 2».